Beim Pilates wird hauptsächlich die Tiefenmuskulatur trainiert. Dabei stehen die Aktivierung, die Entspannung und die Dehnung einzelner Muskeln oder Muskelpartien im Vordergrund. Pilates hat aufgrund seiner intensiven Ausführung erhebliche Trainingseffekte. Die intensiven Übungen stärken besonders die Rumpfmuskulatur und den Beckenboden. Weiter verbessert Pilates die Bewegungskoordination, schult die Konzentration, das Gleichgewicht und die Beweglichkeit. Da Verspannungen gelöst werden, verbessert Pilates merklich die Körperhaltung. Das Training regt besonders den Kreislauf an und hat somit positive Auswirkungen auf den Sauerstofftransport im Blut.
Außerdem aktiviert Pilates den Fettabbau, da das intensive Training der Tiefenmuskulatur gegen Cellulite wirkt. Auch auf den Rücken haben die Übungen eine positive Wirkung. Denn es schont Gelenke, löst Blockaden und wirkt gegen Bewegungseinschränkungen. Das regelmäßige Training regt den Knochenstoffwechsel an, beugt Osteoporose vor und hat so einen stärkenden Effekt auf Knochen. Durch die bewusste Konzentration auf Übungen und Atmung hilft Pilates, das Stressgefühl zu reduzieren und kann gegen innere Unruhe wirken.
Für Anfänger ist zunächst ein Einstiegskurs empfehlenswert, um die richtige Atemtechnik, Bewegungsabläufe beziehungsweise Grundlagen zu erlernen.